具有大規模毀滅能力，來自異世界的巨大怪獸，以及人類為了消滅牠們而打造，由人類駕駛的超巨型機器人之間曾經展開一場在全世界各地進行的殊死戰，但那只是一場規模更大的戰爭的序幕。怪獸軍團將大舉進攻，並向全人類展開一場全面性的終極大戰。叛逆青年傑克潘塔考斯特（約翰波耶加 飾），他曾是一名極具潛力的機甲獵人駕駛員，他傳奇的父親為了讓人類贏得勝利，在一場和怪獸之間進行的激烈戰鬥中不幸壯烈犧牲，傑克也因此放棄他的訓練，被捲入充滿犯罪份子的地下世界。但是當一支數量更多、更殘暴、更具毀滅性的怪獸軍團入侵，開始攻擊全世界的各大城市，並且試圖逼迫全人類向牠們臣服之際，與他關係疏離的姐姐森真子（菊地凜子 飾）正率領新世代的機甲獵人駕駛員準備迎戰，他們全都是在戰爭陰影底下長大的青年，她給了傑克最後一次機會，讓他得以延續他父親的遺志。